미국 소화기내과 전문의는 수십억 달러 규모 프로바이오틱스 시장에 대해 과학적 근거 부족을 지적하며 경종을 울렸다. 대부분 제품이 임상시험을 거치지 않아 효과를 확신하기 어렵고, 소셜미디어는 검증되지 않은 정보를 확산시킨다. 미국 소화기내과학회도 대부분 소화기 질환에 프로바이오틱스 사용을 권장하지 않는다. 장 건강을 위해서는 프로바이오틱스보다 고섬유질 식단이 중요하며, 채소, 견과류, 발효식품을 다양하게 섭취해야 한다. 미국인 평균 섬유질 섭취량은 권장량에 크게 못 미친다. 항생제 복용으로 인한 C. difficile 감염 예방, 파우치염 치료 등 예외적인 경우를 제외하고는, 프로바이오틱스보다 균형 잡힌 식단이 우선이다.